Michael Heupel unterrichtet seit 1998 an der Hochschule für Musik und Tanz Köln das Hauptfach Jazzflöte, sowie Hauptfachdoubling für die Saxophonklassen. Vor allem die Zusammenarbeit mit Tänzern und Lyrikern haben ihn als experimentierfreudigen Musiker geprägt.

Er gibt Kurse für aussergewöhnliche Spieltechniken und Improvisation; sein Instrumentarium umfasst die Querflötenfamilie von Piccolo bis Subkontrabassflöte.